有机肥中含有丰富的有机质和营养元素，它可以改良土壤培肥地力。但它相比较于其他的肥料，分解相对比较慢，肥效较迟。虽然它的营养元素含量全，但含量较低，在土壤中分解较慢。因此应该把有机肥与化肥配合施用，二者取长补短，发挥各自的优势。
有机肥虽然效果很好，但并不是万能的。生物有机肥料所含养分并不平衡，不能满足作物高产优质的需要。因此在施用有机肥时可以按要求配施化肥，并在作物生长期间配施各种叶面肥。
在使用有机肥之前，最好经过发酵处理。由于许多生物有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，这些不利于作物的健康生长，所以要经过加工处理后才能施用。腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥养分含量，从而导致营养失衡。同时生物有机肥含有较多的有机物，不宜与硝态氨肥混用。
